Mit der finanziellen Förderung der Heinz Nixdorf Stiftung hat die Max-Planck-Gesellschaft (MPG) im Jahr 2001 das Heinz Nixdorf Zentrum für Informationsmanagement (ZIM) gegründet. Die MPDL führt die Projekte des ZIM fort, darunter den so genannten eDoc-Server, der als digitales Archiv der MPG gilt, sowie die Zeitschriftenreihe Living Reviews.
Das von der Max-Planck-Gesellschaft und vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) geförderte Projekt eSciDoc wird in Kooperation mit dem Fachinformationszentrum (FIZ) Karlsruhe durchgeführt. FIZ Karlsruhe ist Dienstleister und Servicepartner für den Informationstransfer und das Wissensmanagement in Wissenschaft und Wirtschaft. Schwerpunkte sind die weltweit einzigartige Datenbankkollektion von STN International und die Entwicklung von E-Science-Services. FIZ Karlsruhe ist Mitglied der Leibniz-Gemeinschaft, in der sich außeruniversitäre Forschungs- und Serviceeinrichtungen verschiedener Wissenschaftsbereiche zusammengeschlossen haben.
Die Niedersächsischen Staats- und Universitätsbibliothek Göttingen (SUB) und die MPDL arbeiten bei der Entwicklung virtueller Forschungsumgebungen und der Sicherung des Zugangs zu wissenschaftlicher Information eng zusammen. Die langjährigen engen Kontakte zwischen der SUB und der Max Planck Digital Library wurden durch eine im Juli 2011 geschlossene Kooperationsvereinbarung weiter intensiviert.